Tháng 11/1287, Go-Uda bị anh trai là Thượng hoàng Go-Fukakusa phế truất, đưa con trai là thân vương Hirohito mới 22 tuổi lên ngôi[3], hiệu là Thiên hoàng Fushimi. Ông cải niên hiệu của ông chú Go-Uda thành niên hiệu Kōan (Công Án, 1287–1288).

Triều đại của ông chứng kiến các cuộc xung đột liên miên giữa hai nhà Daikakuji -tō và Jimyōin-tō nhằm tranh giành quyền kế vị ngôi vua Nhật Bản. Thiên hoàng không còn quyền lực gì, mọi quyền thực tế của Nhật Bản đều bị Mạc phủ họ Hōjō khống chế. Dưới thời Mạc phủ họ Hōjō, tình trạng tư hữu ruộng đất diễn ra mạnh mẽ. Một cuộc điều tra vào năm 1280 do shikken họ Hōjō là Hōjō Tokimune (1268-1284) chỉ đạo cho thấy; ở tỉnh Osumi có 750/9.000 mẫu là đất công; tỉnh Hitachi có 27.000/120.000 mẫu là đất công và tương tự, tỉnh Tamba chỉ có 600/4.800 mẫu ruộng là còn thu được thuế.[4]

Năm 1289, Thiên hoàng phong con trai cả là Tanehito làm Thái tử kế vị, bất chấp sự phản đối của nhà Daikakuji -tō về quyền thừa kế ngôi vị. Nhưng tới năm 1290, nhà Asawara Tameyori thuộc phe Daikakuji -tō tìm cách ám sát Thiên hoàng Fushimi, nhưng bất thành.

Cuối thời Thiên hoàng Fushimi, lục đục nội bộ làm triều đình ngày càng suy yếu nhưng lại là thời cơ để thế lực của Mạc phủ họ Hōjō lại tăng lên đáng kể và ngày càng lấn át quyền lực của Thiên hoàng.

Tháng 8/1298, Thiên hoàng Fushimi thoái vị, nhường ngôi cho con cả là Thái tử Tanehito. Thái tử sẽ lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Go-Fushimi.